Microbiologie - biologie moléculaire

Contenu

Microbiologie
Cours :
Présentation de la microbiologie
Morphologie et structure des bactéries
Nutrition et croissance bactérienne
Les agents antimicrobiens
Prélèvement, transport et préparation des échantillons en vue d’analyses microbiologiques
Les méthodes rapides de dénombrement des microorganismes
Les méthodes d’identification des microorganismes
TP :
Présentation du poste de travail en microbiologie et des consignes de sécurité – Préparation de milieux de culture – Observation et description de cultures bactériennes en milieu liquide - Etats frais et coloration de Gram – Isolements par épuisement.
Etats frais et coloration de Gram – Isolements par épuisement – Tests d’ambiance – Test de sporulation – Analyses microbiologiques sur l’eau de mer
Identification d’une souche bactérienne par tests biochimiques (test O/F ; recherche de la catalase ; recherche de la cytochrome oxydase ; galerie API 20 E) – Antibiogramme - Analyses microbiologiques sur des algues prélevées sur l’estran.

Outils moléculaires
Cours
Introduction et présentation des outils moléculaires
Extraction des ADN et ARN
Etude du GC%
Principe de la PCR
La PCR point final
La qPCR ou PCR temps réel
La PCR-RFLP : Etude du profil de restriction
Le séquençage
Le metabarcoding
Les sondes nucléotidiques ou sondes nucléiques
L’hybridation
La transcriptomique

TP :
Extraction d’ADN génomique à partir d’une culture bactérienne pure.
Amplification de la région V1-V3 de l’ADNr 16S par PCR point final.
Migration d’amplicons sur gel d’agarose et détermination de la taille des amplicons.
Utilisation de la qPCR pour quantifier l’ADN bactérien dans un extrait d’ADN issu d’un échantillon environnemental.

Bases de génétiques
Structure de l’ADN
La réplication de l’ADN
Information génique et non génique
Vers la synthèse des protéines
Les mutations