M2 Recherche Biologie des Organismes et des Populations

UE 1 [85 heures]. Du gène à la population

Génétique des populations

Responsable : Rémi Wattier
Equipe pédagogique : Rémi Wattier, Marie-Jeanne Perrot-Minnot

Objectifs : Introduire les concepts clés en génétique des populations et maîtriser les formalisations de base

Cours magistraux :

- Diversité génétique: définitions, outils, paramètres
- Modèles de bases
- Forces évolutives : mutation, migration, dérive, sélection
- Impact des régimes de reproduction
- Génétique des population bactériennes
- Introduction à la génétique quantitative

Travaux dirigés :

Exercices en alternance avec le cours, de façon à concrétiser les exposés théoriques, et à mieux faire comprendre leur contenu.

Travaux pratiques :

Echantillonnage, génotypage et analyse des données.

Biologie évolutive

Responsable : Frank Cézilly
Equipe pédagogique : Frank Cézilly, Bruno Faivre, Paul Alibert, Marie-Jeanne Perrot-Minnot

Objectifs : Maîtrise des concepts essentiels en biologie évolutive

Cours magistraux :
- Introduction à la biologie évolutive : faits et théories en évolution, histoire des concepts en évolution
- Sélection naturelle et sexuelle, niveaux de sélection
- Etude de l'adaptation: optimisation et méthodes comparatives
- Gradualisme et ponctualisme
- Stratégies biodémographiques
- Evolution de la reproduction sexuée, anisogamie
- Développement, plasticité et contraintes
Travaux dirigés :

Séminaires du vendredi et discussions associées.
Travaux pratiques :

Réflexion et discussion à partir de la lecture d'un ouvrage de Richard Dawkins, Le gène égoïste.

UE 2 [90 heures]. De la population à l'écosystème

Biologie des populations, biogéographie insulaire

Responsable : Jérôme Moreau
Equipe pédagogique : François Bretagnolle, Bruno Faivre, Paul Alibert, Loïc Bollache, Bruno Chauvel, Jérôme Moreau, Marie-Jeanne Perrot-Minnot, Rémi Wattier.

Objectifs : Comprendre le fonctionnement des populations et des communautés dans le temps et dans l'espace

Cours magistraux :

- Concepts de base en démographie
- Dynamique des populations
- Le concept de Métapopulation
- Compétition
- Interactions interspécifiques
- Ecologie des communautés végétales et animales
- Biogéographie insulaire

Travaux pratiques et dirigés :

TP et TD sur le terrain, 2 jours à la station biologique Grimaldi de St. Jean-de-Losne, sortie en forêt de Citeaux. TP sur les relations hôte-parasite, croissance des populations.

Environnement et biosphère

Responsable : Loïc Bollache.
Equipe pédagogique : François Bretagnolle, Bruno Faivre, Loïc Bollache.


Objectifs : Acquérir les principaux concepts permettant de comprendre le fonctionnement de la biosphère.


Cours magistraux :

- Facteurs abiotiques
- Dynamique de l'environnement physique, climats et écosystèmes
- Structure de la biosphère, caractéristiques des grands biomes
- Changements globaux, hypothèse GAIA
- Eléments de pédogénèse
Travaux dirigés : exposés.

UE 3 [100 heures]. Outils et méthodologie

Ecologie quantitative et modélisation

Responsable : Bruno Faivre.
Equipe pédagogique : Paul Alibert, Sophie Bentz, Loïc Bollache, François Bretagnolle, Frank Cézilly, Bruno Faivre, Marie-Jeanne Perrot-Minnot, Rémi Wattier.

Objectifs : Présenter les méthodes d'acquisition des paramètres quantitatifs couramment utilisés pour décrire les peuplements et les populations, et certains éléments d'analyse de leur fonctionnement.

Cours magistraux :

- Descripteurs quantitatifs des peuplements et des populations : mode de répartition, abondance, richesse, diversité, etc.
- Modélisation : introduction à l'utilisation de modèles en biologie, optimisation simple, stratégies évolutivement stables.

Travaux pratiques et dirigés :
Application de méthodes d'estimations des descripteurs quantitatifs à partir d'exemples sur documents et de travaux de terrain ; utilisation de modèles mathématiques appliqués à la biologie.


Biostatistiques et analyse des données


Responsable : Jacques Caneill
Equipe pédagogique : Jacques Caneill, Jérôme Moreau, Jean-Michel Thomas, Rachid Sabre


Objectifs : Apporter certains outils méthodologiques classiquement utilisés pour décrire et tester les phénomènes biologiques.


Cours magistraux :

- Statistique non paramétrique
- Comparaisons d'échantillons indépendants (ANOVA à deux facteurs et plus, ANOVA hiérarchique)
- Relation entre variables (Régressions multiples, pas à pas, non linéaires)
- Analyse de covariance
- Analyses multidimensionnelles (Analyse discriminante, ACP, AFC)

Travaux pratiques et dirigés :

Développement "à la main" de certaines étapes d'analyse et utilisation de logiciels statistiques.


Communication et techniques d'expression


Responsable : Paul Alibert.
Equipe pédagogique : Paul Alibert, Marie-Jeanne Perrot-Minnot.


Objectifs : Préparation à l'entrée dans la vie professionnelle : rédaction d'un CV, expression orale, recherche de documents sur internet, pratique du logiciel Powerpoint.
(Travaux dirigés)


UE 4 [25 heures]. Anglais
Responsable : Carole Durix

Objectifs : Acquisition d'une compétence minimale en anglais scientifique : grammaire et lexique.
Etude de textes et entraînement à la technique du résumé écrit et oral.

(Travaux dirigés)


UE 5 [100 heures]. Stage
Responsable : Loïc Bollache
Stage de recherche en laboratoire ou entreprise (100 h TD)


Objectifs : Acquisition d'une expérience professionnelle dans le domaine des sciences et techniques, fondamentales ou appliquées.
Le stage obligatoire concerne tous les étudiants inscrits en M1 BOP. Ce stage est d'une durée minimale de 100 heures. A cette fin deux jours par semaine sont libérés à partir du deuxième semestre. Les lieux de stages peuvent correspondre à des laboratoires de recherche, à des organismes professionnels, ou au milieu associatif. L'expérience acquise au sein de la précédente Maîtrise BPE a démontré la faisabilité et l'efficacité du stage.


UE 6 [100 heures]. Conservation et comportement

Biologie de la conservation

Responsable : Paul Alibert
Equipe pédagogique : Paul Alibert, Rémi Wattier, Loïc Bollache, Sophie Bentz

Objectifs : Appréhender les grands équilibres et déséquilibres de certains grands écosystèmes ainsi que leur gestion.


Cours magistraux :
- Introduction
- Historique de la Biologie de la Conservation
- La biodiversité
Définitions, mesures
Diversité spécifique
Diversité des écosystèmes
Gradients de diversité
- Menaces sur la biodiversité
Processus d'extinction
Changement global
Perte et dégradation des habitats
Les invasions biologiques
Cas particulier des milieux aquatiques
- Gestion de la biodiversité
Gestion des écosystèmes - Gestion des populations
Stratégies de conservation
Réhabilitation
Conservation - agroenvironnement


Travaux dirigés :

Exposés personnels.

Travaux pratiques :

Sorties : Morvan (tourbières, milieux aquatiques...), Sabot de Vénus.


Ecologie comportementale


Responsable : Frank Cézilly
Equipe pédagogique : Frank Cézilly, Loïc Bollache, Marie-Jeanne Perrot Minnot, Sophie Bentz


Objectifs :


Cours magistraux :
- Historique de l'écologie comportementale
- Stratégies d'approvisionnement
- Sélection sexuelle
- Régimes de reproduction
- Organisation sociale
- Communication



Travaux dirigés :

Travail sur documents et exposés.

Travaux pratiques :

Analyse des interactions agonistiques chez Betta splendens; Quantification de la sélection sexuelle chez Gammarus pulex.


UE 7 [50 heures]. Diversité fonctionnelle
Responsable : Jérôme Moreau

Option 1. Diversité animale
Responsable : Marie-Jeanne Perrot-Minnot
Equipe pédagogique : Bruno Faivre, Jérôme Moreau, Marie-Jeanne Perrot-Minnot, Rémi Wattier, Loïc Bollache


Objectifs : Illustrer des concepts clés en écologie évolutive et fonctionnelle à partir de l'étude détaillée de groupes zoologiques particuliers : oiseaux et arthropodes


Travaux dirigés :
- Ornithologie :
Méthodes indiciaires de dénombrement des populations d'oiseaux
Estimation des paramètres démographiques
Analyse des intéractions hôtes-parasites
Classification taxonomique et évolution
Le chant (acquisition, fonction)
La reproduction
Adaptations morphologiques
- Arthropodes :
Intérêt des Arthropodes en écologie évolutive
Phytophagie
Symbioses parasite et mutualiste (bases physiologiques et dynamique des interactions tritrophiques)
Les Arthropodes en tant qu'indicateurs biologiques, intérêt agronomique et médical

Travaux pratiques :

Réaliser un travail, personnel ou en petite équipe, complet (avec prise en compte des objectifs, travail de terrain, analyse et commentaires de résultats). Il nécessite généralement le recensement et le dénombrement de populations d'oiseaux et d'arthropodes et donne lieu à un rapport détaillé.


Option 2. Diversité végétale et microbienne


Responsable : François Bretagnolle
Equipe pédagogique : François Bretagnolle, Jacques Caneill, Bruno Chauvel, Philippe Lemanceau, Jean-Philippe Guillemin, Sylvie Granger, Catherine Cardinal-Legrand


Objectifs : Illustrer l'importance de la biodiversité dans les écosystèmes et agro-écosystèmes.



Travaux dirigés :

- Biodiversité et agrosystèmes
- Dynamique des peuplements d'adventices
- Flore microbienne du sol: diversité fonctionnelle
Travaux pratiques :

Travail, personnel ou en petite équipe, impliquant notamment le recensement et le dénombrement de populations végétales.