Bioinformatique - Recherche d'Informations à Partir d'Une Séquence Nucléique ou Protéique

Première journée : interrogation des basses de données des protéines, analyse élémentaire et recherche d’homologues proches

• Bases de données: UniProtKB, InterPro (ProDom,Prosite,Pfam), PDB,…
• Analyse élémentaire de séquences: composition, profils physico-chimiques,…
• Recherche d’homologues: alignement par paire, algorithmes (BLAST, FASTA, SSEARCH)

Seconde journée : recherches d’homologues distants, identification de sites et signatures fonctionnels, alignements multiples de séquences, prédiction de structure secondaireRecherches d’homologues distants: profils de séquences, algorithmes (PSI-BLAST, HMMER)

• Recherches de sites et signatures fonctionnels (InterProScan)
• Alignements multiples de séquences (Clustal W, MUSCLE, MAFFT)
• Prédiction de la structure secondaire des protéines (Chou-Fasman, SOPMA, PHD, PSI-PRED)

Troisième journée : interrogation des bases de données des séquences nucléiques, analyse élémentaire.

• Bases de données: INSDC: GeneBank, EMBL, DDJB.
• Banque de données de motifs
• Recherche de Motifs
• Présentation de Gene Ontology (GO)

Quatrième journée : Navigateur de génomes et des outils d’analyse fonctionnelle (voies métaboliques ...) .

• Ensembl et Biomart
• TIGR
• KEGG et BioCyc