Analyse rnaseq sous galaxy

Méthodes pédagogiques : 30% Théorie – 70% Pratique. Étude de cas.

Jour 1 :

• Rappels : Galaxy,
• Construction d’une expérience de RNAseq
• Méthodes de nettoyage des données brutes
• Approche d’assemblage "de novo"

Jour 2 :

• Approche d’assemblage avec référence
• Analyse de l’expression des transcrits, analyse de l’expression différentielle
• Annotation fonctionnelle.

• Durée et rythme : 14h sur 2 jours consécutifs.
• Matériel : un poste de travail sera fourni à chaque inscrit pour la durée de la formation.
• Lieu de formation : Station Biologique de Roscoff – Place Georges Teissier – 29680 Roscoff

Intervenants de la plate-forme ABiMS :
Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Xi Liu

La plateforme de bioinformatique ABiMS propose depuis de nombreuses années son soutien à la recherche en biologie marine. À ce titre elle est impliquée notamment dans de nombreux projets de génomique et transcriptomique sur différentes organismes couvrant un large spectre du vivant. La plateforme a par ailleurs développé de fortes compétences dans l’environnement Galaxy (développement, intégration et mise à disposition d’outils, formation de la communauté). Dans un contexte où très peu de génomes de référence sont disponibles pour les organismes marins, la plateforme propose une expertise forte dans l’analyse de RNAseq de novo et a mis à disposition de la communauté sur son instance Galaxy les outils nécessaires pour analyser ce type de données (en complément des analyses plus traditionnelles avec génomes de référence). Depuis quatre ans, près de 200 personnes ont pu bénéficier d’une formation RNAseq sous l’environnement Galaxy.