Bioinformatique (Niveau 2)

La formation sera basée sur une alternance de parties théoriques suivies d’applications pratiques, et se terminera par la mise en application du contenu de la formation au travers de la création (par les participants) d’un document complet faisant la synthèse du programme de la formation.

• Banques de données et recherche d’informations Théorie : les différentes banques de données et recherche dans celles-ci.
Pratique : recherches simples d’informations sur un gène, une protéine, un organisme. Comment trouver des informations pertinentes sur les banques, comment juger des résultats comment les interpréter. Faire des recherches complexes à partir d’informations croisées.
• Recherche de séquences dans les banques Théorie : recherche à partir d’une séquence : BLAST, FASTAPratique : utilisation de BLAST online via différents serveurs, téléchargement et installation du BLAST en local. Utilisation du logiciel et interprétation des résultats selon les paramètres.
- Recherche d’informations dans les banques de données BLAST, NCBI, GENBANK
- Évaluer la qualité des informations en fonction de la banque d’origine
- Créer sa bibliothèque de banques selon ses études personnalisées
- Croiser les informations et interroger plusieurs types de banques en même temps
- Rapatrier des banques de données sur son ordinateur afin de créer de nouveaux outils
• Comparaisons de séquences et alignements Théorie : alignements multiples et comparaisons de séquences pour trouver des mutations ou faire de la phylogénique
Pratique : utilisation d’outils d’alignement multiple, compréhension des algorithmes courants et compression du paramétrage de ces outils.
• Annotations et prédictions sur les analyses de séquences longues
- Identification des structures génétiques à partir d’une séquence longue issue d’un séquençage puis d’un assemblage : Recherche de parties codantes, recherche de motifs (promoteurs, introns .)

- Choix des méthodes de caractérisation des séquences et analyse des résultats