Bioinformatique - Recherche d'Informations à Partir d'Une Séquence Protéique

Première journée : interrogation des basses de données des protéines, analyse élémentaire et recherche d’homologues proches

• Bases de données: UniProtKB, InterPro (ProDom,Prosite,Pfam), PDB,…
• Analyse élémentaire de séquences: composition, profils physico-chimiques,…
• Recherche d’homologues: alignement par paire, algorithmes (BLAST, FASTA, SSEARCH)

Seconde journée : recherches d’homologues distants, identification de sites et signatures fonctionnels, alignements multiples de séquences, prédiction de structure secondaire

• Recherches d’homologues distants: profils de séquences, algorithmes (PSI-BLAST, HMMER)
• Recherches de sites et signatures fonctionnels (InterProScan)
• Alignements multiples de séquences (Clustal W, MUSCLE, MAFFT)
• Prédiction de la structure secondaire des protéines (Chou-Fasman, SOPMA, PHD, PSI-PRED)